日本留学签证费用650元人民币。 
日本留学延长居留期限，通常 留学 签证的居留期为一年， 就学 签证为六个月，如超期继续学业，务必办理申请延长居留期的手续。此手续须在当地的入国管理局办理。 
日本留学签证申请流程
一、首先要办理护照。如果你已经有护照了，那你需要查看一下护照的有效期，必须确保护照的有效期在六个月以上，以免护照过期贻误出国留学的时机。 
二、办理在留资格认定证明书。 日本留学并不是学校录取你就可以去日本的，你需要向被录取的日本大学招生办或事务所寄出办理材料，并经日本入国管理局审核通过，寄回你的在留资格认定说明书才可以换取日本留学签证。 
三、仔细确认，准备好所有需要的申请材料。需要注意的是你一定要如实的填写申请材料，因为签证的审核是非常严格的，一旦你的材料被查出有作假的成分，就会驳回你的留学签证申请。 
四、前往日本大使馆或总领事馆指定机构办理。日本共在中国设立一个大使馆、六个领事馆和一个办事处，你可以根据你的户口所在地来选择使馆办理签证。 
五、接下来，你需要做的就是等待。如果顺利的话，一般在一周以后就可以领取护照。但是具体情况具体分析，有时留学签证的审核时间也会延长。特别是当你提交的申请材料有问题时，就会再三加强对你的审查。所以一定要真实完备的准备好你的申请材料。
日本留学签证办理其他注意事项
1、申请人只限于本人亲自来使领馆申请或由本使领馆指定的机关进行代理申请。 
2、以上全部材料有效期为三个月，申请后所有材料一律不退还。 
3、保证人与邀请人为同一人时，相同材料可不重复提出。 
综上所述，日本留学的签证费用大概是在650元人民币。